日本共同社1月6日报道称，6日上午11点半前后，日本根岛县警方接到居民报警，称“海面上飘着一条无人船只”。海上保安厅的巡逻船随即赶到现场，发现船上载有3名成年男子及1具尸体，船身上写有朝鲜文字。虽然日方怀疑该船自朝鲜逃出，但船上人员否认了这一点，称船只是因故障而抛锚，希望马上返回朝鲜。

报道称，日本调查人员起初曾怀疑这3人是逃离朝鲜者。不过，船上一名男子称，船是在“捕鱼作业时发生机器故障，开始漂流”。第8管区海上保安总部（京都府舞鹤市）认为船只遇难，正在调查详情。据日本海保及警方透露，该船为小型木船，被发现时在隐歧岛以西约1公里的海面上处于抛锚状态。

据日本共同社1月9日消息称，日本和朝鲜政府9日达成协议，在日本岛根县隐岐岛附近海域发现的漂流船上的3名朝鲜人将经由中国被送返朝鲜。3人将于当天下午乘飞机前往北京。

据相关人士透露，由于3人都表示想返回朝鲜，日本政府基于人道考虑决定把他们作为遭遇海难者迅速送返。

报道称，驻北京的日本和朝鲜的大使馆工作人员就如何对待3人进行了磋商。因船上没有渔具，有见解认为应彻底调查3人是否为“朝鲜特工”。

3人在接受日方问询时表示：“从朝鲜的港口出海后，捕鱼作业时发动机出故障，开始漂流。”接到让3人经中国返回朝鲜的朝方请求后，日本首相官邸、外务省、法务省及国土交通省进行了协调。

当地时间6日中午，当地居民发现了在隐岐岛附近日本领海内处于抛锚状态的漂流船。日本海上保安厅的巡逻船发现漂流船上载有3名男子及1具男尸。船上没有水和食物。日本方面曾认为该3人为“脱北者（韩国方面对逃离朝鲜者的称谓）”，但3人均予以否定，并表示“希望回国”。

日本新闻网报道称，日本政府迄今为止所发现的朝鲜船只几乎都是“脱北者”乘坐的逃难船。2011年10月，9名朝鲜人搭乘小木船漂流到日本近海，后被送往韩国。漂流至日本近海而坚决要求回国的事例迄今为止尚属首次。报道评论称，在日本与朝鲜没有外交关系，且两国处于“对立状态”的背景下，如何处理这一事件，让日本政府感到一时手足无措。

此外，3名朝鲜人在接受日本海报部门的调查时，还不知道朝鲜最高领导人金正日已经逝世。3人预定于9日下午搭乘从日本福冈飞往北京的客机，经北京回国。