报道称，“海监50”随后继续向钓鱼岛海域南下，16日凌晨左右，中国海监船在黄尾屿西北偏北34公里处海域反复迂回行驶，在巡航35分钟后离开该海域。

2004年3月，7名中国保钓人士登岛被捕，冲绳县警方后将7人交给入国管理局并“强制遣返”。根据这一先例，日本政府正在与相关机构协调应对措施，政府相关人士称“可能会采取与上一次相同的措施。”

中国外交部副部长张志军16日打电话给日本外务省常务副外长佐佐江贤一郎，再次就日本非法抓扣中国公民及船只提出严正交涉和抗议，敦促日方立即无条件放人放船，要求日方确保中方人员的人身安全、尊严和基本权利。

外交部发言人秦刚16日说，中国驻日使领馆工作组当天探望了被日方非法抓扣的14名中国公民中先期抵达冲绳县那霸的5人，已确认他们目前健康状况良好。工作组正争取尽快探望其余9名中国公民，并敦促日方立即放人放船。

香港特别行政区政府和驻东京代表处也派人前往，行政长官梁振英表示，港府对事件极度关注，已透过总领事向日本政府重申钓鱼岛和其附属岛屿自古以来就是中国领土，香港居民多年来对这些岛屿有强烈感情，不希望见到日本政府作出任何被香港居民视为挑衅性的行为。他要求日本政府不能危及香港居民和其他中国公民的人身和财产安全，并促请日本政府尽快释放所有香港居民和其他中国公民。