虽然我国高等学校普遍采用美式的校院系三级组织结构，但是，我国高校并没有承袭美国大学的学术民主精神。即使在同一个学院内，不同学科的学者也在以学科的成熟度为标准强化自己所在学科的重要性和优势地位，并以此来左右所在学院的学科发展与开拓规划。
当前，我国正在努力建设世界一流大学和高水平的研究型大学。能否实现这一目标，在很大程度上取决于我们能否建立起与一流大学和高水平研究型大学相适应的现代大学制度。
学术自由是建设一流大学的前提
现代大学制度的核心是学术自由和大学自治，之所以赋予大学这样的权力是有多方面原因的。
大学是发现和生产知识的机构。知识的发现和生产是一种探索未知、充满不确定性的思维活动。较少的控制有利于思维处于活跃状态，有利于大学发挥创造力和提高生产力。没有一流的、创造力旺盛的大学，任何一个国家都不可能发展成为真正的强国。
从人类社会发展来看，社会矛盾和冲突的增加是社会文明程度提升、公民权力意识增强、不同群体和集团对自身利益诉求的必然结果，并不是源于大学对一些问题的关注、揭示与阐述，也不是学者观点所能左右的。在遇到社会问题时，如果给予大学一定程度的学术自由和自治，允许不同观点、声音的存在，则可以有效地克服认识上的局限性，还原事情的本来面目，作出科学理性的决策，避免因人为因素而引发的折腾。
政府与大学关系如果处于理想形态，将有利于充分发挥大学作为社会智囊团与思想库的作用，从而促进国家的发展。这种理想状态就是，政府做得好，大学给予支持，并通过大学的传播辐射功能，让政府的意愿与决策在社会上产生更大的乘积效应；若政府有瑕疵，大学也可以给予适宜、善意的提醒和批评。若要形成这种互动效应，需要政府给予大学一定程度的自由和自治。如果政府不能为大学营造这种氛围，学者们对于那些明知不可为、不能为的政策举措，出于利害考虑，就会选择缄默。在这方面，我们已经有过非常深刻的教训。
长期以来，对于很多问题所做的宣传、所开展的学术研究，不能说我们做得不多、不尽力，然而这些工作的实际效果与我们的预期总有很大的差距。其中，最为关键的原因就在于从官方到学界声音的高度同质性。这就造成一旦社会公众对相关部门的宣传产生不信任的时候，大学与学者也不能以其学术见解或专业威望让公众信服，在政府部门和公众之间化解分歧。大学应该担当起社会防波堤的作用，这种作用是现代社会中其他机构所无法做到的，也是越来越不能忽视的。
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