第三，加强党的制度建设，必须以科学的理论为指导，以党内民主为价值取向，保证各项制度的科学性和有效性。
党90年来的历史反复证明，加强党的制度建设，离不开科学的理论为指导，科学的理论能指导制度建设朝着正确的方向发展，错误的理论将导致制度建设误入歧途。因而，在加强党的制度建设中，必须把坚持马克思主义基本原理与马克思主义中国化紧密结合起来，不断推进党的理论创新，用以更好地指导党的制度建设，更好地规范全党的行动。
自建党以来，党的制度建设一直处于不断的发展与完善中。过去革命战争年代，党的制度建设是以高度集中为价值取向的，因而很多制度突出地强调组织本位与高度集中；全国执政以后，在计划经济条件下，加之外部势力对新中国的围堵封锁，党面临着巩固政权的繁重任务，基本沿袭了战争年代的制度，长时期未能推进党内民主及制度创新。制度变迁是个缓慢的进程，随着改革开放的深入和社会主义市场经济的发展，党员的主体意识、民主意识、参与意识不断增强，党中央对党内民主的认识不断深化，从“没有民主就没有社会主义”到“党内民主是党的生命”，因而，按照新时期党的先进性的总要求，把党的领导体制、工作机制、具体制度放到时代与实践发展要求的层面加以审视，以党内民主为价值取向，以尊重党员主体地位为本位，革故鼎新、兴利除弊，不断完善党的制度、机制与领导体制，有利于新时期新阶段全党更好地集中统一。基于此，按照正确的价值取向，不断扩大制度建设中的民主参与，与时俱进地发展党内民主制度，才能真正使各项制度更好地规范党员行动并逐步内化为全体党员的自觉行动，以有利于全党更好地集中统一，这是加强党的制度建设不可忽略的一条重要经验。
第四，加强党的制度建设，必须具有整体观念，使党的制度体系成为一个有效的系统，充分发挥制度的整体绩效。
90年来党的制度建设的实践表明，单项制度，可以发挥某一方面的效用；而综合制度方能发挥整体效用。因而加强党的制度建设，需立足于系统论的角度。党的制度以党章为根本依据，构成了一个制度群，内容相当广泛，涉及党的活动的方方面面。从内容来说，主要有党的领导制度、党的组织制度和党内生活制度等，具体又可分为：党对国家政权机关和其他非党组织的领导制度，党的集体领导制度，党的民主集中制及党的组织制度，干部制度，党内监督制度，党内生活制度，党内统计制度等等。从类别来分，党的制度主要分为实体性制度和程序性制度。实体性制度一般规定“是什么”的问题；程序性制度一般规定“如何做”的问题。二者相辅相成，缺一不可。从整体上看，党的制度本身就是一个有机整体，其中每一类制度以至于每一项制度都是这个有机整体的一部分，各项制度往往互相制约、互相促进，如果一项制度没有相应的配套制度，这项制度就不可能有效地贯彻执行。所以，在加强制度建设过程中，必须注意制度的系统性。加强党内各具体制度之间在时空与内容上的协调，在新老制度交替时要搞好内容、范围与效力上的衔接，同时，各制度条文在内涵上要协调统一，不能互相矛盾。
加强党的制度建设，必须突出党章的统领地位，系统构建党的制度体系，不能仅停留在面上，不能仅强调实体性制度，更要有严格的程序和实施保障的严密措施，使制度本身形成一个完整的系统，以此强化制度的强制力、约束力、执行力。因而，从系统论的角度加强党的制度建设，促使党的制度体系成为有机整体，立体式、全方位巩固党的建设，惟其如此，才能充分发挥制度的整体绩效。
第五，加强党的制度建设，必须坚持以人为本，并以制度为准绳规范人的行为，严肃责任追究，在制度治党、制度管人中树立制度权威。
回顾党90年的奋斗历程，加强党的制度建设，必须坚持以人为本，在制度建设中重视人的作用。从本质上讲，制度是人类实践活动的产物，是人们在政党实践和政党处理社会诸种关系中逐步产生出来的。制度具有滞后性，人是最活跃的因素，要重视人的作用，人始终是制度的能动主体，人在遵守制度的同时又以自身的实践创新着制度。因而，加强党的制度建设，人与制度必须有机结合，切实维护正式制度，与潜规则作坚决的斗争。“保持党员队伍的先进性，关键在于完善制度和机制，把党的先进性要求转化为党员自觉遵守的行为准则。”
加强党的制度建设的目的，是以制度为准绳规范全体党员的行为，使全党能达到集中统一。而要达到这个目的，必须严格执行党的制度，严格区分责任，严肃责任追究，否则制度就可能成为一纸空文，因而，权威性是保证制度有效落实的关键所在。树立制度权威，要大力改进领导体制，对一些不尽合理、完善的党的制度，在党的创新理论指导下，以改革创新的精神不断加以推进；要逐步完善各项制度，切实做到责权利相统一，增强可行性，最大限度地发挥制度绩效。此外，还要不断完善党的制度的运行、监督、惩戒机制，保证党的各项制度具备应有的效力。“最重要的是要坚持和完善能够保证党的领导坚强有力和社会主义兴旺发达的一整套制度，并运用法律、法规、政策、纪律、教育等手段来保障这套制度能够得到严格遵守。”同时，必须建立一套具体明确、便于执行操作的惩处法规，明确违规违制行为惩戒措施，确保制度具有足够的约束力、威慑力。“强有力的实施机制将使违法成本极高，从而使任何违约行为都变得不划算，即违约成本大于违约收益。”惟其如此，才能使制度权威真正树立起来。
