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其次，绿营智库的政策建言一定程度上干扰了马当局的施政效率。为求2012年“大选”获胜，绿营智库充当民进党杯葛马当局施政的“幕后推手”，甚至是“马前卒”，一方面发动街头抗议运动，另一方面借助绿营媒体，主导“打马”议题。“台湾管理学会”曾发文抵制马英九提出的“三都十五县”行政区划方案。在日前的“美牛事件”中，“台湾维新基金会”等绿营智库夸大进口美国牛肉的危害，引发民众恐慌，给马当局施政增添了不少麻烦。

再次，绿营智库的“台独”鼓噪，给两岸关系和平发展制造了一些障碍。绿营智库的研究报告夸大两岸经济架构协议(ECFA)对岛内经济的冲击，歪曲ECFA是“统战协议”，引起不少岛内民众的误解。同时，其歪曲宣传还大大增加了两岸达成和平协议的难度。

岛内“二次政党轮替”后，民进党丧失“执政”资源，加之内斗加剧，不少绿营智库影响趋于武微。在台当局担任要职的绿营智库学者亦随着陈水扁下台被撤换，部分智库的影响力随之减弱。同时，绿营智库受民进党派系操控，而派系斗争的加剧大大削弱了智库的影响力。