马英九召开记者会强调，自他上任以来，绝对尊重司法，并极力维护司法独立，不干预任何个案。对于在野党宣称，这是选举操作、政治追杀及挟怨报复，马英九语气铿锵回应表示：“郑重声明‘绝无此事’。”也绝不容许此事在台湾岛内发生。马英九并强调，时间会证明他对司法独立的尊重，“我一路走来始终如一”。对于在野党的批评，马英九表示，“我感到非常遗憾”。

“中广新闻网”报道，李登辉遭起诉，正在台北监狱服刑的陈水扁1日通过女儿陈幸妤转述称，此事跟他无关。陈幸妤说，外界误传李登辉会被起诉和陈水扁举发有关，陈水扁特别提出澄清和自己无关。

陈水扁称，当时他向前“调查局长”叶盛茂提到“新瑞都案外案”的文件，和李登辉遭起诉的“国安密帐案”无关。

对于陈水扁的说法，“中天新闻”报道说，事实上，“国安密帐案”在李扁之间是政治角力的秘密，陈水扁2002年前往探望住院的李登辉，就曾拿纸条探询李登辉，是否涉及“国安密帐”洗钱，让李登辉很感冒。

国民党发言人赖素如1日也澄清表示，此案最初是特侦组调查陈水扁洗钱案时，由陈水扁主动向特侦组告发，民进党却刻意模糊焦点、扭曲事实，指鹿为马，误导视听莫此为甚。