但直至二次政党轮替，陈水扁当局都没有实现对AIT“全面开放”的诺言，美牛议题一直延烧到马当局执政后，2009年10月台美签订美牛输台议定书，引起民众反弹，并一度造成马当局执政危机。

AIT电文显示，2010年1月21日，国民党秘书长金溥聪与AIT台北办事处长司徒文会面时坦承，当局对美牛问题“做了不好的政治判断”；金溥聪承诺，会协调解决台北市的反美牛运动，也推荐美方采纳公关专家范可钦的计划，以争取基层支持带骨美牛进口。

台湾加油赞发言人殷玮转述金溥聪意见表示，他所指的“做了不好的政治判断”，是指当局低估了人民对美牛的反应。至于所谓协调解决台北市的反美牛运动，金是答应转达郝龙斌，杨苏棣希望美国国旗受到尊重。蔡英文在2010年2月8日与司徒文会面时说，“马当局对美牛问题处理失当，是帮了民进党”。