据台湾“中选会”统计，这次台湾地区领导人选举的总投票率为74.38%。马英九及其搭档吴敦义最终获得689万1139票，得票率为51.6%；民进党候选人蔡英文及其搭档苏嘉全获得609万3578票，得票率为45.6%；亲民党候选人宋楚瑜及其搭档林瑞雄获得36万9588票，得票率为2.8%。

14日晚，成千上万的支持者聚集在台北八德路马吴竞选总部前。马英九冒雨发表胜选感言。他说，“恭喜大家，我们赢了”。谈及两岸关系，他指出，两岸会更和谐，会更有互信，冲突的机会将更小，他一定要让台湾有一个永续、和平、稳定的环境。