1991年，菲参议院废除了菲美军事基地协定。1998年，两国签署《访问部队协定》。根据这一协议，菲方允许美国在菲部署600名美军士兵，并为美军舰艇提供“有限期”靠岸补给。

自2002年开始，美国以反恐为名陆续向菲南部棉兰老地区派驻数百名美军士兵。美菲还经常举行军事演习。今年3至4月，美菲将在南海举行联合军演，美军将指导和训练菲律宾海军如何保卫并重新夺回油气田。