随着宝藏数量的公开，多方对沉船所有权的争论一直不休，西班牙方面一直表态对该沉船及其上的物品拥有所有权。而奥德赛海洋探索公司声明，是该公司发现了沉船，并花费了260万美元(约合1637万人民币)用于探索、打捞、储存和保护这些宝藏。奥德赛海洋探索公司表示，没有确切证据证实沉船就是“Nuestra Senora de las Mercedes”号。况且当时该船正进行国际商业贸易航行，上面的物品是否属于西班牙并不确定。根据国际条约，上述情况下沉船物品应属于发现者。

西班牙文化部于20日表示，西班牙已将沉船上的银币确定为民族遗产，这些文物应回归西班牙，并在博物馆中展出。西班牙公民警卫队也表示，将派遣两架军用运输飞机前往载回文物，不过目前尚未确定何时启程。