2011年4月底，穆尔西从穆兄会指导局辞职，负责组建自由与正义党并担任党主席。一年后，他成为穆兄会的唯一候选人。伴着“复兴，人民的意愿”与“团结就是我们的力量”的竞选口号，以及“反对独裁、争取民主、改善民生、惩治腐败”的政策宣传，穆尔西获得了广大下层百姓的支持。

虽被认为缺乏人格魅力，但穆尔西具有改革魄力。并且由于他的穆兄会背景，上台后将施行更多的伊斯兰法律，所以赢得了宗教势力选民的支持。此外，还有一部分埃及“革命”的主力军系穆兄会的主要支持者。

同时，穆尔西还主动接近第一轮投票中遭淘汰的候选人，许诺给予副总统甚至总理等职位，以争取他们的支持。另外，穆尔西还向自由派选民以及科普特人保证，上台后不会对他们实施伊斯兰教法。