郭正亮表示，他观察马英九还想继续关扁，并说这法律问题，他不能下令保外就医。扁问题从头到尾就不是法律问题、而是政治问题，况且扁在刑事上也受到处罚，关了4年，也已经够了，对蓝军选民也有交代了，再关下去，对国民党、对想竞选2016大位的蓝营接班梯队都是不利因素，外界会认为马英九与国民党太过头了，扁议题会变成国民党的包袱。

郭正亮说，全世界没有一个前国家领导人被如此对待，缅甸昂山素季（软禁）与南非曼德拉某种程度受到一定的礼遇，虽然他们是政治犯非刑事犯，但以韩国为例，前总统全斗焕、卢泰愚也都受到礼遇。他劝马英九，应该用政治处理、不是法律处理。

郭正亮说，他比较的担心的是，如果马英九未在任期内处理陈水扁或是扁死在牢里，一定会造成很深的社会厮裂，也会冲击国民党形象与选情。未来，如果民进党重新上台执政，纵使民进党领导人不愿清算马，绿营群众也一定会要求政治报复马英九，这样冤冤相报下去，台湾政治会永无宁日，也会让“总统”变成政治风险相当高的职务。