首先是学生上学路程普遍变远。一些非寄宿学生在村里学校撤并后要起早上学，个别的甚至来回要走两三个小时。

其次是学生上学交通安全隐患增多。学校撤并后很多学生需要乘坐交通工具上学，由于农村道路条件较差，车况良莠不齐，交通状况复杂，学生上学途中的安全难以切实得到保障。

还有一个问题是寄宿制学校办学条件保障不到位。由于撤并学校过快，农村寄宿生大量增加，一些地方寄宿制学校办学条件保障跟不上，生活管理人员缺乏，不少寄宿制学校床铺紧张、食堂简陋、厕位不足、冬季取暖和夏季防暑条件得不到保障。

另外，并入学校大班额问题突出。一些地区在并入学校办学条件难以满足的情况下，盲目撤并学校，致使并入学校大班额问题突出，教学资源严重不足，教育教学质量难以保证。

此外，部分群众经济负担加大。村小或教学点撤并后，学生需要乘坐交通工具上学，增加了交通费用。寄宿生还要承担部分或全部伙食费。有的家长在县镇陪读，另需支付房租等生活费用。