敦煌历史悠久，文化灿烂，１９７９年对外开放以来，不断吸引着来自世界各地的参观者，可随着游客的逐年增多，狭小洞窟和脆弱的壁画开始不堪重负。如何破解保护与利用的矛盾，实现敦煌遗产永久保存，永续利用，成了樊锦诗日夜思考的问题。
“不能关起门来搞保护，人们应该享受这一珍贵而优秀的文化遗产。”敦煌莫高窟是中国首批列入《世界文化遗产名录》的文化遗产，樊锦诗参加了申遗材料的准备工作，十分清楚世界文化遗产所承担的社会责任。在她的积极倡导和推动下，保护与利用的矛盾正在解决，一个全新的“数字敦煌”正向人们走来。
２００８年底，敦煌莫高窟保护利用工程正式开工，这是莫高窟保护史上具有纪念意义的一天。樊锦诗不会忘记，一份她亲自参与事关敦煌文物保护和可持续发展的政协提案，终于作为莫高窟保护史上规模最大、涉及面最广的一项综合性保护工程开始实施。
在这一浩大的保护利用工程当中，除崖体加固、风沙治理、安全保卫等基础性工程外，还要利用现代数字技术，完成敦煌莫高窟１４９个Ａ级洞窟的文物影像拍摄、加工处理和数据库建设，建设敦煌莫高窟游客中心，通过数字电影等现代展示手段，给观众提供了解敦煌文化、艺术和价值的全新视角。
为了保护敦煌遗产，又能更好服务游客，在樊锦诗的带领下，敦煌研究院在全国的大型遗址中，还率先启动了参观预约制，并开展了游客承载量的研究。樊锦诗提出，要把敦煌莫高窟建设成为世界一流的遗址博物馆，不断增加收藏、保护、研究和展示与服务功能。
在同行眼里，樊锦诗不光是一位出色的文物保护专家和遗产管理专家，还是一名在国内外享有很高声誉的敦煌学者。上世纪８０年代以来，在樊锦诗的带领下，敦煌研究院全体科研人员在石窟考古、佛教美术、文献研究等很多领域都取得了新成果，敦煌研究院已经成为国际敦煌学研究的最大实体，“敦煌在中国，敦煌学研究在国外”的历史已经改变。
“国家的命运决定了莫高窟的命运，国家独立了，国家强大了，国家发展了，我们的文物也就得到更好地保护了。”樊锦诗已经把自己的生命与敦煌融为一体，把一切的成果和荣誉归功于国家和集体，在她的内心深处，心甘情愿，只想做一个“敦煌的女儿”。
