淞沪战争持续三月，中国佛教会灾区救护团京沪队第一分队活跃在东战场上，出动工作达百余次，来回于浏行、大场、昆山之间，在枪林弹雨中实施救济众生法事，造成惊人成绩，根据慈联会民国二十七年报告书，我们这个“僧侣救护队”所救护的负伤员兵及租界难民总共有八千二百七十三人，被上海报纸誉为“英勇僧侣”，外国报纸称他们为“战神之敌”。

1937年冬，上海沦陷，经过激战后的上海已是废墟一片，尸横遍野。日军不准收埋阵亡的中国士兵和罹难难民的遗骸，中国居民又无人敢冒杀头之险过问。看着卫国抗敌的战士曝尸郊野，罹祸难民的尸骸遗抛沟壑，圆瑛大师挺身而出，以大无畏的精神发起组织掩埋队，圆瑛法师亲任总队长，队员由上海玉佛寺、法藏寺、清凉寺、国恩寺、关帝庙、报本堂等寺庙的僧众和香工组成。他们每天用四辆汽车，将国人的尸体一具一具地抬上车，送到郊外掩埋。昼夜不停，花了三个多月时间，总计掩埋尸体一万多具。

圆瑛大师率领中国佛教界在抗敌救灾方面的一系列义举，获得了国内外的高度赞扬，当时国民党军将领陈诚也不得不承认：“真正到前线上去救护的只有他们。”

在完成一系列爱国义举后，圆瑛大师又出国募捐抗日资金，号召华侨进行“一元钱救国运动”。1939年10月，圆瑛大师和徒弟筹集了大量资金，从南洋返回上海。圆瑛大师回国后，日本人劝他出任所谓的中日佛教会会长，圆瑛大师严词拒绝。日本人恼羞成怒，1939年农历九月初一，大批宪兵包围了圆瑛大师所在的寺院，以抗日的“罪名”将圆瑛大师和弟子明旸法师逮捕。

圆瑛大师师徒二人被押到位于上海北四川路的日本宪兵队司令部，马上遭到严刑拷问。明旸法师回忆道：“宪兵们面目狰狞，虎视眈眈……夜阑人静，万籁俱寂时刻，日本宪兵就对先师进行严刑审讯，态度野蛮，几濒于危。师以从容陈辩，理直气壮，义正词严，坚持了中国人民大无畏的民族气节。”

随后，圆瑛大师二人又被押解往南京的日本宪兵总司令部，追查二人在南洋募集抗日捐款的事情。圆瑛大师威武不屈，在严刑审讯面前仍做道场，连打三个“净七”，并以绝食与日寇作斗争。

圆瑛大师被捕的消息引起了民众的公愤。迫于舆论压力，1939年11月，日寇释放了圆瑛大师师徒二人。圆瑛大师出狱后，致函福州鼓山涌泉寺辞去方丈之职，走上了更为坚毅的抗日之路。