以上即为一个中国原则的基本法理内涵，它既体现了国际法的一般原则，又体现了两岸各自“宪法”的基本精神。但是，它所反映和规范的，基本是双方处于“汉贼不两立”、相互以军事上政治上完全消灭对方为目标下的两岸关系状态。实际上，自1979年大陆确立和平统一目标起，双方如何相互定位、如何恰当界定台湾当局在国际法上的地位问题，就成为古今中外无例可循的一个独特个案，国际法上有关“交战团体”、“政府承认”、“继承理论”等等均无法有效而准确地处理此一问题。很显然，这一问题已经超出于单纯的法理范畴，成为法律与政治交织、需要双方发挥高度政治智慧予以处理的问题。
在台湾方面，为因应“国家遭逢重大变故，在宪法规定的国土上出现另外一个统治当局”，于1991年“修宪”时在“宪法增修条文”中将领土区分为“大陆地区”与“台湾地区”，认定中共为实际治理大陆地区的统治当局，并据此制定了《台湾地区与大陆地区人民关系条例》。马英九在上引各项谈话中，提出“双方要正视现实，做到互不否认”，“两岸处理这项问题，可以在法理层面上相互不承认，在务实层面却互不否认”；“如何互不否认，则有待透过双方的互动与实质交流加以认定”，“让双方在国际社会都有尊严，这是我们的目标”。
在大陆方面，则在2005年制定的《反分裂国家法》中，将一个中国原则的表述调整为“世界上只有一个中国，大陆和台湾同属一个中国，中国的主权和领土完整不容分割”，为在随后邀请连战来访时不再否定对方“一中各表”，承诺未来协商解决台湾参与国际活动问题。对于“大陆和台湾同属一个中国”，对两岸关系瞭解不深的人们看到的或许仍然单纯是法律在领土意义上的界定与重申，其实它更多地是反映了大陆对以往三十年对台工作全部历史经验的总结与对两岸政治关系的新的认知，体现出双方长期折冲互动过程中所反应出来的许多现实道理，内涵丰富而深刻。
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