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学者型智库通过各类学术交流活动鼓吹“台独”理念，具有较强隐蔽性。2001年重组的“台湾新世纪文教基金会”，“急独”分子彭明敏于1994年创立的“彭明敏文教基金会”，就是此类智库代表。

专业型智库以研究专业领域对策为主，智库成员在绿营上台时颇受重用。培养岛内众多重量级政治人物的所谓“‘国策’研究院”，成立于1994年的“台湾综合研究院”，是此类智库的代表。

“运动型智库”具有较强民间自发性，成员结构复杂，擅以街头运动鼓吹“台独”理念。其中，成立于2000年的“台湾社”，标榜为“政治民主”奋斗的“台湾教授学会”及由“台独”组织“手护台湾大联盟”演变而来的所谓“台湾‘国家’联盟”，是“台独”活动较为频繁的“运动型智库”。

“另类智库”多数在2008年“二次政党轮替”后成立，借助媒体力量宣扬台独”理念，攻击蓝营施政。吕秀莲一手操办的玉山媒体集团、前民进党主席谢长廷成立的“台湾维新基金会”、“急独”分子辜宽敏成立的“绿色逗阵工作室”、前民进党“立委”罗文嘉创办的“二次党外论坛”，是典型的“另类智库”。

绿营智库的特点

“台独”色彩浓厚是绿营智库的根本属性。其一，智库领导层由“台独”分子把持。李登辉、陈水扁、吕秀莲、游锡堃等分别创立智库；“凯达格兰学校”先后由老牌“台独”分子陈师孟、李鸿禧任校长，“国策研究院”由前“台联党”主席黄主文任院长，“台湾智库”延揽东吴大学政治系主任罗致政任董事、“台湾GO GO GO办公室”由台北大学教授王涂发任董事长。